پلیمر POP-7 برای ژنتیک آنالایزر 3130 و 3130xl

آشنایی با پلیمر POP-7 برای ژنتیک آنالایزر 3130 و 3130xl

POP-7 Polymer برند Applied Biosystems یک پلیمر تخصصی برای استفاده در دستگاه‌های 3130 و 3130xl Genetic Analyzer است. این ماده به‌عنوان ماتریس جداسازی در سیستم Capillary Electrophoresis مورد استفاده قرار می‌گیرد و شرایط لازم برای جداسازی و آنالیز قطعات DNA عبوری از کاپیلاری‌ها را فراهم می‌کند. Thermo Fisher به‌طور رسمی استفاده از POP-7 را در سیستم‌های سری 3130 برای کاربردهای مختلف Sequencing و Fragment Analysis مستند کرده است.

کاربرد پلیمر POP-7 در Sequencing و Fragment Analysis

یکی از مزیت‌های اصلی POP-7 Polymer امکان استفاده از یک پلیمر برای هر دو کاربرد DNA Sequencing و Fragment Analysis است. طبق اطلاعات فنی Applied Biosystems، POP-7 برای انجام این دو نوع آنالیز روی آرایه‌های کاپیلاری 36 و 50 سانتی‌متری فعال شده است. این ویژگی به آزمایشگاه اجازه می‌دهد بدون نیاز به تغییر مداوم پلیمر، جریان‌های کاری مختلف مرتبط با تعیین توالی و آنالیز قطعات DNA را روی دستگاه مدیریت کند.

استفاده از POP-7 همچنین می‌تواند در مقایسه با برخی پلیمرهای دیگر سری POP، امکان Run سریع‌تر و Read Length طولانی‌تر را در شرایط و ماژول‌های مناسب فراهم کند.

بهبود کیفیت جداسازی و طول خوانش

POP-7 برای دستیابی به عملکرد مناسب در آنالیز DNA طراحی شده است. Thermo Fisher از جمله مزایای این پلیمر را کاهش زمان Turnaround، بهبود تفکیک پیک‌ها، افزایش طول خوانش و دستیابی به Quality Score بهتر در کنار Base Calling مناسب عنوان می‌کند.

عملکرد واقعی پلیمر به طول Capillary Array و Run Module انتخاب‌شده وابسته است. برای نمونه، در مستندات رسمی سیستم‌های سری 3130 برای POP-7 نتایج زیر ذکر شده است:

• در آرایه 36 سانتی‌متری، بسته به Run Module، میانگین Read Length حدود 500 تا 600 باز با QV بالاتر از 20 گزارش شده است.
• در آرایه 50 سانتی‌متری، Read Lengthهای حدود 700 تا 850 باز با QV بالاتر از 20 قابل دستیابی هستند.
• برای پروتکل‌های Long Read روی آرایه 80 سانتی‌متری نیز میانگین خوانش تا حدود 950 باز در مستندات سازنده ذکر شده است.

این مقادیر مشخصات عملکردی Run Moduleهای رسمی هستند و نتیجه عملی می‌تواند تحت تأثیر کیفیت نمونه، شرایط دستگاه، کاپیلاری، بافر و سایر عوامل آزمایش قرار گیرد.

سیستم انتقال خودکار پلیمر POP-7 در سری 3130

دستگاه‌های Applied Biosystems سری 3130 نسبت به نسل‌های قدیمی‌تر از سیستم خودکار انتقال پلیمر استفاده می‌کنند. در این طراحی، نیاز به استفاده از سرنگ‌های دستی پلیمر حذف شده و فرایندهای مرتبط با Polymer Delivery از طریق سیستم دستگاه و Wizardهای نرم‌افزاری مدیریت می‌شوند. میزان مصرف پلیمر می‌تواند بسته به تعداد Runها، نحوه استفاده، تنظیمات دستگاه و برنامه نگهداری متفاوت باشد.

امکان تغییر نوع پلیمر POP-7 روی دستگاه

برای استفاده از POP-7 نیازی به اختصاص یک Capillary Array جداگانه برای هر نوع پلیمر وجود ندارد. اگر کاربر قصد تغییر از پلیمر دیگری مانند POP-6 به POP-7 را داشته باشد، Applied Biosystems توصیه می‌کند از Change Polymer Type Wizard دستگاه استفاده شود تا شرایط سیستم پس از تعویض پلیمر به‌درستی تنظیم شود. همچنین برای Dye Setهای مختلف، Spectral Calibration مناسب با نوع پلیمر موردنیاز است.

روش نگهداری پلیمر POP-7 روی دستگاه

طبق توصیه سازنده، پلیمر در دستگاه‌های سری 3130 و 3130xl بهتر است پس از حدود یک هفته روی سیستم تعویض شود. باقی ماندن پلیمر بیش از زمان توصیه‌شده یا استفاده از پلیمر تاریخ‌گذشته می‌تواند روی کیفیت الکتروفورز و پایداری جریان اثر بگذارد.

برای جلوگیری از ورود هوا به مسیر Polymer Delivery نیز توصیه می‌شود پیش از خالی‌شدن کامل مخزن پلیمر، وضعیت آن بررسی شده و تعویض به‌موقع انجام شود؛ ورود حباب به سیستم می‌تواند باعث ایجاد خطاهایی مانند Unstable Current و توقف Run شود.

کاربرد پلیمر POP-7 در آزمایشگاه‌های ژنتیک

POP-7 Polymer برای مجموعه‌هایی که از 3130 یا 3130xl Genetic Analyzer در جریان‌های کاری ژنتیک مولکولی استفاده می‌کنند، یک ماده مصرفی تخصصی محسوب می‌شود. مهم‌ترین کاربردهای آن شامل:

• تعیین توالی DNA به روش Sanger
• Fragment Analysis
• جداسازی قطعات DNA با Capillary Electrophoresis
• آنالیز نمونه‌ها در Run Moduleهای سازگار با POP-7
• کاربردهای آزمایشگاهی مبتنی بر Genetic Analyzerهای سری 3130

است. امکان استفاده برای هر دو کاربرد Sequencing و Fragment Analysis، همراه با قابلیت دستیابی به Read Lengthهای طولانی‌تر و Peak Resolution مناسب، POP-7 را به یکی از پلیمرهای کاربردی برای سیستم‌های ژنتیک آنالایزر سری 3130 تبدیل کرده است.