کیت NGS مدل HRD pro برند 4bases

شیوه عملکرد کیت HRD pro

کیت HRD، بر اساس Next Generation Sequencing یا پروتکل مولکولی نسل جدید توالی یابی کار می‌کند و می‌تواند ۲۳ ژن مرتبط با مسیر HRR را تجزیه‌وتحلیل کند. این کیت تمامی معرف‌های لازم برای آماده‌سازی نمونه‌ها را دارد. پس از آماده‌سازی نمونه‌ها با استفاده از پروب‌های خاص، جداسازی و غنی‌سازی قسمت های موردنیاز انجام شده و سپس تجزیه‌وتحلیل NGS با استفاده از سیستم‌های Nanopore و سایر پلتفرم‌های توالی‌یابی انجام می‌شود. با استفاده از کیت HRD، می‌توان تحلیل ژرم لاین، سوماتیک و شناسایی واریانت‌های ژنتیکی مختلفی مثل پلی‌مورفیسم‌های تک نوکلئوتیدی، ایندل، تغییرات تعداد کپی ژن و ازدست‌دادن هتروزیگوسیتی را انجام داد.

مواد ژنتیکی موردنیاز HRD pro را می‌توان از DNA استخراج شده از نمونه‌های خون، مایعات بدن و یا بافت‌های تازه، منجمد، آسپیراسیونی با سوزن ظریف و FFPE تهیه کرد. حداقل ورودی موردنیاز برای هر نمونه ۵۰ نانوگرم و اندازه پنل توالی یابی، ۸۰ کیلوباز است. برای محاسبه دقیق امتیاز HRD، لازم است برای هر بیمار، هر دو نوع نمونه سوماتیک و ژرم لاین مورد تجزیه‌وتحلیل قرار بگیرد. این کیت، مجموعه‌ای از ۲۳ ژن کلیدی که در مسیر ترمیم همسان‌سازی نقش دارند را مورد هدف قرار می‌دهد. برخی از این ژن‌ها به شرح زیر هستند:

ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDK12, CHEK1, CHEK2, FANCL, MLH1, MRE11A, MSH2, MSH6, NBN, PALB2, PTEN, RAD50, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, TP53

تمامی این ژن‌ها در مراحل مختلف ترمیم DNA و پایداری ژنوم نقش دارند. جهش در هر کدام از آن‌ها می‌تواند منجر به نارسایی در مسیر HRR، افزایش بی‌ثباتی ژنومی و در نهایت ایجاد سلول‌های سرطانی شود.

روند کاری در کیت HRD پرو

فرایند آماده‌سازی کتابخانه یا همان Library preparation در این کیت با یک پروتکل ساده و capture-based انجام می‌شود. این فرایند در کمتر از ۳۶ ساعت تکمیل می‌شود و کل مدت زمانی که کاربر به طور مستقیم با نمونه‌ها و تجهیزات در ارتباط است، کمتر از سه ساعت خواهد بود. به‌طورکلی فرایند استخراج DNA تا دستیابی به داده‌های نهایی در این کیت، کمتر از ۲.۵ روز به طول می‌انجامد که نشان‌دهنده کارایی بالای کیت و صرفه‌جویی در زمان و انرژی است.

پس از آماده‌سازی نهایی، کتابخانه‌های حاصل شده می‌توانند نرمال‌سازی یا ترکیب شده و سپس برای توالی یابی بر روی سلول flow بارگذاری شوند. کیت اچ دی آر پرو با انواع توالی یاب‌های سازگار با فناوری نانوپور مثل Element Biosciences، Ion Torrent، MGI، Illumina، PromethION 24، MinION و GridION سازگار است.

تجزیه‌وتحلیل داده‌های  HRD pro کمپانی 4bases با استفاده از پلتفرم 4eVAR انجام می‌شود. این پلتفرم می‌تواند واریانت‌های سوماتیک درگیر در ژن‌های مسیر HRR، تغییرات تعداد کپی و LOH را تجزیه‌وتحلیل کند. تمامی این داده‌ها برای محاسبه دقیق امتیاز HRD و ارزیابی جامع بی‌ثباتی ژنومی، کلیدی به شمار می‌روند. این پلتفرم، دارای یک پایپ لاین تجزیه‌وتحلیل اختصاصی و بهینه شده است که خروجی‌های جامعی برای تجزیه، تحلیل و گزارش‌دهی فراهم می‌کند. موارد ارائه شده در زیر آمده‌اند:

• معیارهای کیفیت و هم‌ترازی (Quality metrics، Alignment)
• CNVs status، ژنو تایپ و پوشش توالی یابی (Coverage)
• جدول کامل واریانت‌ها (Full variant table)
• گزارش امتیاز HRD و انواع گزارش‌های شخصی‌سازی‌شده

پزشکان و محققان با استفاده از این گزارش‌های جامع می‌توانند درک عمیق‌تری از وضعیت ژنومی بیمار داشته باشند و تصمیمات درمانی مؤثرتر و کارآمدتری بگیرند.

مدل‌های مختلف کیت

این کیت در دو مدل مختلف وجود دارد. یکی مدل DC3080-16X که برای انجام ۱۶ آزمایش است و مدل DC3080-96X که با استفاده از آن می‌توان ۹۶ آزمایش را انجام داد. حجم معرف‌های موجود در هر کیت به شکلی محاسبه شده که بتوان تقسیم‌بندی به مضرب هشت برای تجزیه‌وتحلیل را انجام داد و در نتیجه، تعداد کل آزمایش‌های قابل‌انجام کاهش پیدا می‌کند.

هر کیت شامل پرایمرهای Unique Dual Index برای انجام تست‌ها است. در هر نوبت توالی یابی، چندین فلو سل را می‌توان استفاده کرد و بسته به ابزار نانوپور، تعداد آن‌ها در هر کیت متفاوت است. به طور مثال، ابزار MinION می‌تواند تا هشت نمونه در هر فلو سل را پشتیبانی کند. برای خرید این کیت بهتر است به اولین و تنها واردکننده مستقیم آن مراجعه کنید. آرینا حیات دانش تنها شرکتی است که این محصول را به طور مستقیم به کشور وارد کرده و آن را با بهترین قیمت و ضمانت اصالت به فروش می‌رساند. این شرکت حتی پس از فروش کیت HRD pro نیز همراه شما است. ارائه خدمات نصب و کار با دستگاه و همچنین برگزاری دوره‌های آموزشی تنها برخی از خدمات این شرکت به شمار می‌روند. برای کسب اطلاعات بیشتر در خصوص کیت هم می‌توانید همین حالا با کارشناسان تماس بگیرید.

جدول مشخصات و ویژگی‌های محصول